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Phylip和系统发育推理

Phylip系统发育
Phylip系统发育

系统发生推理包,Phylip,由Joe Felsenstein(华盛顿大学)撰写的,已达到30岁的里程碑。几乎每个植物学的班纳山脉都有纸张使用该计划进行分析,以便自1980年引用它发表的32,000篇论文。很少有软件包,这些软件包已经在这么多几代计算机的考验中得到了对时间的考验–自从我是博士生以来,我经常使用它。在WIMP(Windows,图标,鼠标,指针)接口中长度发展,Phylip仍保留其模块化简单性和多功能性。你不太可能最终有垃圾进入,垃​​圾出来,没有一个算法是专有的,与程序相关的巨大文献,文档是一种清晰的模型。我总是对大型现代信息学分析包裹感到不舒服,你是如此'受保护'(或者是'不受保护'?)来自算法,并且Phylip方法在它们背后有一个强大的(如果有时是有争议的)文献。

在此期间,Felsenstein博士继续延伸该计划,以及文件以及文件,有一个Phylip Facebook页面,在那里他回应最基本的每一个调查到最先进的询问。尽管幻灯馆普遍使用和价值到广泛的社区,但是 信用页面底部的反确认 也表现出有趣的阅读,展示了对这种广泛使用的方法的开发和出版的资金有多困难。

由于其简单的性质,我经常在课程中使用Phylip–在基本级别通过其中一个Web接口中的一个,因此不需要下载和安装。我的用途显示在 www.bs1008.molcyt.com. :学生在树木和灌木上得分一些叶子字符,将常青树(Quercus Ilex和Osmanthus)分类在一起,然后使用DNA数据进行比较,所述DNA数据遵循自然分类和橡木躺在一起。另一种易于可视化的教学应用程序是为了解决苏格兰威士忌之间的关系。一本由第二名最着名的迈克尔杰克逊(之后,即) AOB植物的编辑 )分类 109种不同的麦芽威士忌类型 在68条呼吸素质(颜色,鼻子,身体,腭和饰面)的基础上,以及Lapointe和Legendre发表了一个“纯麦芽苏格兰威士忌分类。” (Applied Statistics. 1994; 43(1):237; http://dx.doi.org/10.2307/2986124 (档案 存储库版本在这里可用 ; 数据 用于分析的矩阵在这里 at Pierre Legendre’他的网站,他有另一个相关的 麦芽威士忌之间距离矩阵的纸张 )。

那么生日快乐,祝贺你的创造者。

编辑1 Dec:添加链接到麦芽威士忌(不是威士忌)DataMatrix。

来自USDA,康奈尔的Peter Bradbury,还注意到其他有用的SNP分析计划:

流苏, http://www.maizegenetics.net/tassel 艾玛, http://mouse.cs.ucla.edu/ 普隆, http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/ Haploview, http://www.broadinstitute.org/haploview

还有powermarker, http://statgen.ncsu.edu/powermarker/ 我也在课程中使用,允许简单的粘贴Excel格式化数据。

2 comments

  1. 谢谢!

    我会加入一个单麦芽威士忌的吐司(如果我有的话)。当我住在爱丁堡的休假1982-1983时,我曾经对待朋友到一个单麦芽品尝会议—通过落到最近的非牌照并购买一些小的人“airline bottles”威士忌,其中一些实际上是单身麦芽。然后我们有很小但非常便宜的口味。

    在那一年里,我碰巧听到了威士忌麦芽的微生物分类研究的介绍,其中包含以下令人难忘的句子” “首先,我们去了访问了150个高地酿酒厂—这是有趣的部分。”

    现在,如果我只能说服授予授予Phylip的代理商值得资助。也许如果我送他们的单麦芽瓶…

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